Jinn Client работает с сертификатами по ГОСТ-2012 нормально, только в формате контейнера PKCS#15. Крипто-ПРО наоборот работает с контейнером PKCS#12. Итого, чтобы Jinn Client отобразил и утвердил сертификат по ГОСТ-2012 нужно иметь ключ на носителе в контейнере PKCS#15. Все выпускаемые ключи сейчас, создаются в контейнере PKCS#12. Крипто-ПРО 4.0 (R3 и R4) при этом не видят PKCS#15, и чтобы Крипто-ПРО обратилось к ключу (например для Континент TLS) нужно иметь контейнер PKCS#12.
Вариант выхода из ситуации, записать на один носитель ключ в двух форматах (две копии) PKCS#12 и PKCS#15. Таким образом, Крипто-ПРО зайдет в ЭБ через Континент TLS и потом Jinn Client утвердит формуляр, при этом работают токены и флешки.
ВНИМАНИЕ! Для конвертации контейнера PKCS#12 в PKCS#15 есть специальная утилита, для получения обращаться в ТОФК.
Подробнее о работе утилиты по ссылке.